ข้อมูลในระบบสารสนเทศภูมิศาสตร์ถูกจัดเก็บตามประเภทของข้อมูล ซึ่งมีลักษณะเป็นข้อมูลเชิงภาพได้แก่ จุด เส้น รูปหลายเหลี่ยม และข้อมูลลักษณะประจำ ที่ประกอบด้วยตัวอักษรและตัวเลข เช่น ชื่อสถานที่ ชื่อทางภูมิศาสตร์ ค่าพิกัดของตารางพิกัดถูกจัดเก็บในรูปของแฟ้มข้อมูลที่แยกออกจากกันเป็นชั้นข้อมูล (Data layer) ตามลักษณะเพื่อความสะดวกในการจัดเก็บและแก้ไข แฟ้มของชั้นข้อมูลเหล่านี้จะเชื่อมต่อกันในลักษณะซ้อนทับ
ข้อมูลในทุกชั้นข้อมูลจะเชื่อมโยงกันโดยอาศัยตำแหน่งทางภูมิศาสตร์เป็นตัวเชื่อมในลักษณะอ้างอิงกับตำแหน่งจริงบนพื้นผิวของโลก (Geocoding)
การแก้ไขข้อมูล สามารถแก้ไขปรับปรุงข้อมูลในแต่ละชั้นข้อมูลได้อย่างเป็นอิสระไม่ว่าจะเป็นการปรับปรุงให้เป็นปัจจุบัน หรือการแก้ไขเพิ่มเติมข้อมูลให้ครบถ้วน ชั้นข้อมูลที่ได้รับการแก้ไขเรียบร้อยแล้วจะถูกจัดเก็บในลักษณะของแฟ้มข้อมูล (Data file) เพื่อการวิเคราะห์ต่อไป ผลของการวิเคราะห์ที่ได้สามารถนำเสนอในรูปแบบของแผนที่ รายงาน หรือตารางข้อมูล แล้วแต่ความเหมาะสมหรือความต้องการของผู้ใช้
ที่มา : ตำราเทคโนโลยีอวกาศและภูมิสารสนเทศศาสตร์